辛亥革命到来，使得西藏的局势发生大逆转。 1912年初，流亡印度原被解除称号的十三世达赖喇嘛借机策动事变，达赖喇嘛发布《告民众书》"（汉人）固当驱除净尽......总期西藏全境汉人绝迹，是为至要"，达桑占东承达赖之意组成一万名"西藏民军"，围攻江孜、亚东、日喀则等地的清军。一时间，汉族人在西藏地区遭到藏族极端分子不分青红皂白的乱杀，达赖喇嘛乘机排除清朝中央政府的官员影响，单独执政。最后驻拉萨清军败于印度的英国军队和西藏地方军，经过尼泊尔驻拉萨代表调停，清军被解除武装。 1913年1月，达赖喇嘛回到了拉萨。袁世凯发电报，表示要恢复达赖喇嘛的封号，达赖喇嘛在回复中，则直接重申了他对西藏的统治。西藏特使在乌兰巴托签署《藏蒙条约》，宣示蒙古、西藏互相承认各由中国独立出来。
1913年2月14日、藏历水牛年正月初八日，第十三世达赖喇嘛发布圣地佛谕，文告的内容涉及西藏的体制改革、实行新政等内容。也因为文告的这个性质，部份学者将此份文件看作是西藏的独立宣言（Proclamation of Independence of Tibet）。水牛年文告是达赖喇嘛的一个内部讲话，当时尚未有外人知道，没有公开宣布。直到1932年，文告才以用信件的形式公布。文告的现行版本多引自夏格巴的《西藏政治史》一书，范普拉赫曾表示引文来自夏格巴的私人收藏档案。文告中"我们是一个很小的、信教的独立国家"（英文：We are a small, religious, and independent nation）语句被学者反复引用论证，时常被认为是达赖喇嘛宣布西藏独立的重要宣示。
英国不愿意西藏政府与中国政府发展直接关系。故谋划了于1913-1914年在印度西姆拉召开的，有中、英、藏代表参加的会议，会议期间，英方代表麦克马洪与亲英的西藏代表夏扎•班觉多吉背着民国中央政府私下用秘密换文的形式，在地图上划了一条实际长达850英里的边境线，把中国门隅、珞瑜、察隅三个地区共九万平方公里的土地划入印度。这条由英殖民者一手操纵的、中国任何一届中央政府、任何政党都未承认的非法的"麦克马洪线"，为以后中印两国关系的发展投下了阴影。
1914年，英藏签订《西姆拉条约》，卫藏获得完全的自治，但又说明："外国政府"一词并不包括中国。英、藏代表签署了该条约，而中国代表陈贻范则拒绝签署。除此之外，在英国与西藏地方政府私下的单方协定中，西藏的"东南边境特区"被割让给了印度，也就是藏南地区（现在的印度阿鲁那恰尔邦）。虽然英国获得了好处，但并没有像西藏预想的那样，支持西藏独立建国，而横英国卖给西藏来福枪、弹药，后来则拒绝出售机枪、火炮。印度面对来自西藏的请求时，表现更为冷漠。
当一战爆发及中国进入军阀割据的乱局，西方各国与军阀都无暇理会西藏问题，第十三世达赖喇嘛在无压力下管治西藏直至他1933年去世。当时，西藏的政府控制卫藏和西康，与现时西藏自治区相约。 西藏不断扩军，在康区部署了绝大部分的军队（数万人），这也导致西藏在北部地区，无法有力维持边境。1917年，在康区的冲突中，西藏噶厦取得了胜利，占领了昌都、德格等地。随着继续扩军，噶厦无力维持飞涨的军费开支，转而向后藏扎什伦布寺第九世班禅喇嘛要求巨额税收，班禅喇嘛抗议无果后，于1923年12月，出走内地，随后受到中华民国政府的接待。由于新兴的少壮军官热衷于西化，与西藏传统势力的冲突不断加剧，最后导致这些军官先后被免职，藏军此后走向衰落。但由于中国经历着抗日战争、国共内战，西藏的这种状况，一直维持到1950年代初。

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3、西藏淵源
藏族的傳說和古籍中把自己的祖先追溯到青藏高原的遠古居民。藏族古老宗教本教的文獻中，認為世界最初是由五種本原物質產生的一個發亮的卵和一個黑色的卵，從發亮的卵的中心生出人間的始祖什巴桑波奔赤，人類是從什巴桑波奔赤的後裔—天界和地界的神當中繁衍出來的。還有的傳說認為是由獼猴和巖魔女的結合傳出西藏的人種，並且認為藏族最初的祖先就生活在雅魯藏布江邊的澤當的附近，這一傳說可能是古人類對祖先來自森林地區的模糊的記憶。藏文《第吳宗教源流》和《智者喜宴》記載說，西藏地區在人類出現之前曾經由十種（或十二種）非人統治過，那時西藏地區就被稱為"博康"（bod－khams）之地，而"博巴"（bod－pa）正是藏族古往今來一貫使用的自稱，可見是由地域的名稱演變為民族的族稱。而青藏高原周邊的一些民族，例如羌族、納西族、普米族的創世神話傳說則認為他們的祖先來自青藏高原的腹心地區。依據近年在青藏高原的考古發現、民間的神話傳說以及對青藏高原的自然環境的分析，我們可以認為青藏高原的古人類最初活動的地域應在西藏雅魯藏布江中下遊的森林地帶，後來隨著使用火的出現，增強了人類抵禦猛獸的能力，增加了人類食物的種類，逐步沿著河流分散，分布到雅魯藏布江、拉薩河、年楚河、尼洋河、雅隆河流域，並在這些河谷地帶發展出早期的農業和馴養家畜。在農業發展到可以養成畜群並將野馬馴化為家馬、將狼馴化為狗以後，古人類才能夠在遼闊的草原上生存並發展起大規模的畜牧業。以奶酪肉食為主提高了牧民的體質，畜群的增長需要尋找新的草場，這使得遊牧部落有可能和必要進行長途遷徙，向更大的地域擴散。從藏北草原翻越唐古拉山到達長江、黃河源頭的遊牧部落在以青海湖為中心的廣大草原地帶發展成一個又一個的部落聯盟，並繼續向東發展到黃土高原，與黃河中下遊的華夏部落接觸交往，這就是漢文古籍中所記載的羌人（漢文史料解釋羌為西方牧羊人，其實際意義還有待研究）和西羌部落。向東發展的羌人部落有許多前後加入到黃河中下遊的漢族的形成發展過程之中。另一部分從青海南下經過橫斷山脈進入雲貴高原，甚至遠到緬甸，發展成藏緬語族的一系列民族，通過語言上的相近還能夠看到他們在民族起源上的親緣關系。而留在青藏高原上的農業部落和遊牧部落，經過唐代吐蕃王朝的統一，形成為藏族。羌藏之間的歷史淵源關系，可能正如費孝通教授所說："即使不把羌人作為藏族的主要來源，羌人在藏族形成過程中的作用也是無可懷疑的。"